موزه تاریخ طبیعی اصفهان در 15 اسفند 1367 در تالار تیموری (یکی از بناهای باستانی عصر تیموری) که از طرف شهرداری اصفهان در اختیار موزه قرار داده شد رسماً افتتاح گردید. تمامی آثار طبیعی و مجموعه های ارزنده این موزه در زمینه‌های علوم گیاهی، جانوری، زمین شناسی و جغرافیایی به همت و سرمایه شخصی دکتر جعفریان استاد دانشگاه اصفهان در مدت 37 سال تلاش مستمر از نقاط مختلف ایران و خارج از کشور گردآوری، خریداری، مبادله و یا تهیه گردید.
موزه تاریخ طبیعی اصفهان دارای 7 سالن نمایشی با عناوین راهنمای موزه، جانوران بدون مهره، گیاه شناسی، زمین شناسی، جغرافیای طبیعی و نقشه ها، جانوران مهره دار و کمک آموزشی و دیدنی های جهان خلقت می‌باشد. در سالن کمک آموزشی و دیدنی‌های جهان قسمتی برای پژوهش و تحقیق برای دانش آموزان و دانشجویان در نظر گرفته شده است که از جذابترین پژوهش‌های موجود می‌توان به طرز تهیه نقشه‌های برجسته و قالب‌گیری مراحل مختلف جنین انسان به صورت مولاژ طبیعی اشاره کرد.
از آنجایی که در به ثمر رساندن این مجموعه تا حد یک موزه جامع تاریخی-طبیعی، از هیچ کوششی در حد توان فروگذار نشده است و پاره‌ای از بخش‌های علوم زیستی آن بخصوص مجموعه اسفنج‌های نواحی استرالیا، صدف‌های اقیانوس کبیر و اطلس و سنگواره های ادوار گذشته در ایران منحصر و دارای ویژگی خاصی می‌باشند. این موزه را شاید بتوان جز موزه‌های کم نظیر و شاید بی نظیر کشور در حوزه خود دانست.