مسجد – مدرسه ی آقا بزرگ کاشان توسط حاج محمد تقی مشهور به خانیان برای دامادش ملا مهدی نراقی ملقب به آقا بزرگ احداث شده است. ملا مهدی نراقی یکی از پنج پسر ملا مهدی نراقی کاشانی، بزرگ خاندان نراقی بود. از آنجا که پیش از ولادت او پدرش جهان را بدرود گفت، ایشان به نام پدر معروف شدند و به نام آقای کوچک نامیده  شدند. وی از علمای بزرگ زمان خود بود. در زمان حیاط او وقتی محمد شاه قاجار از سفر اصفهان به کاشان آمد، در پی حوادثی که در این شهر پیش آمد و منجر به فرمان مجازات عده ای توسط شاه شد، محمد شاه که به خانه ملا مهدی نراقی وارد شده بود هم به منظور احترام و هم دل جویی، وی را به آقا بزرگ ملقب نمود.
تمام بنا از جمله گنبد این مدرسه که جزو بزرگترین گنبد های آجری دنیا است با آجر ساخته شده است. پس از ورود به محوّطه مدرسه دو صحن بالایی و پایینی، حجره های محل سکونت طلّاب، گنبد آجری و گلدسته های دو طرف آن خودنمایی می کند. در کنار این حجره ها دو حیاط خلوت، آب انبار بزرگ،شبستان دیگری در پشت گنبد، ساختمان مسجدی که در جنب گنبد واقع است و محراب کاشی کاری واقع در شبستان جنب گنبد که در حقیقت مجموعه ای است از هنرهای کاشی کاری، گچ بری، کتیبه نویسی،مقرنس کاری و نقّاشی، از جمله متعلقات این بنای عظیم و دیدنی است.
در قسمت شمالی این بنا بقعه ای معروف به خواجه تاج الدّین قرار دارد که مربوط به قرن ششم است.