در سال 1022 ه.ق «الله قلی خان» حاکم فارس مدرسه ای برای حدود 100 دانش آموز بنانهاد که توسط فرزندش «امام قلی خان» در سال 1041 به پایان رسید. ولی اکثر بنای این مدرسه در زلزله ویران شد و فقط سردر ورودی باقی ماند.مدرسه خان را می توان شاهکار دیگری از معماری صفویه دانست که ویژگی‌های خاصی در معماری آن، آن را از دیگر بناهای این دوره متمایز کرده است. از جمله این ویژگی ها می توان به به کارگیری اعداد مقدس که در ساخت این مدرسه اهمیت ویژه‌ای دارد اشاره کرد:
تعداد حجره‌ها 100 عدد و به حروف ابجد نام مبارک حضرت محمد (ص) است.مدرسه دارای پنج مَدرَس (محل تدریس) به نیت عدد مقدس پنج تن (ع) بود. یکی از این مدرسه‌ها متعلق ملاصدرا و چهار مدرس دیگر برای سایرین بود.مانند هر مدرسه دیگر،این نیز دارای یک مسجد است. این مسجد دارای 12 راهرو به نیت 12 امام است.
مجموعه دو اتاق موجود در این مدرسه در کنار اتاق‌های درس خارج، در جمع عدد 14 را به نیت چهارده معصوم (ع) تشکیل می‌دهد.
با جمع عناصر دیگر، عدد 110 که به حروف ابجد (جمل) اسم حضرت علی(ع) را تشکیل می‌دهد، به دست می‌آید.
با افزودن چهار اتاق شامل اتاق‌گاه شناسی(زمان یا وقت شناسی)، اتاق خادم، اتاق چراغ‌دار و اتاق مؤذن، مجموعاً عدد 114 به دست می‌آید که برابر با تعداد سوره‌های قرآن مجید است.درب این مدرسه اغلب بسته است ولی اگر خوش شانس باشید و نگهبان حضور داشته باشد و در را برای شما بگشاید می توانید از او خواهش کنید تا در کنار بازدید از این اثر معماری منحصربفرد به پشت بام مدرسه رفته و از آن جا دیدی 360 درجه از شهر را داشته باشید.